《沉默》改编自著名日本作家远藤周作的同名小说。故事发生在德川幕府时代禁教令下长崎附近的小村子，一个葡萄牙耶稣会的教士偷渡到日本传教，并调查恩师因遭受「穴吊」酷刑而宣誓弃教一

　　日本东北部，福岛县羽代市正在进行一系列河堤改造的建设，与此同时，离奇死亡案件相继发生。其中，《羽代日报》记者立川和黑帮分子川崎昭夫（梅宮辰夫 饰）的情妇被认为死于山路车祸，

　　初春，度假的妙子（小林聪美 饰）坐飞机来到南方一个海岛小镇上，在住宿的旅馆里，她遇上了一群人：养了一条和自己同名爱犬的旅馆主人裕二（光石研 饰），戴着一副眼镜经常微笑的刨冰

　　20岁的三田静香（药师丸博子 饰）是一名热爱表演的纯真女孩，她经常到公园的无人露天剧场练习演技。为了参演剧团的新戏《W的悲剧》，静香参加了主角的选拔考试，最终同期学员菊地香

　　在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关

　　在一片宁静的小山村，少女渡濑明日菜（金元寿子 配音）时常站在山顶，用父亲留给她的神秘矿石作二极管，收听着来自外面世界的美妙音乐。在一次放学途中，明日菜遭到一头怪兽的袭击，关

　　祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人 饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希 饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被

　　19岁的幼儿园老师小笠原涉木（药师丸博子 饰）爱慕上学生的父亲御前崎渡（财津和夫 饰），夏日时分，涉木受御前崎邀请前往大阪辅导其孩子的功课。即将出发之时，涉木在海边巧遇四处

　　水木（哀川翔 饰）自幼在隐岐群岛内的知夫里岛上的孤儿院长大，少年时期，他在那里结识了一班好朋友。成年后，水木成为一名混迹黑道的赏金杀手　　某日，他受墨田组所雇准备刺杀荒川组

1954年9月，一艘往来于青森和函馆的客轮在海上沉没，大批的乘客遇难。阿久津是青函隧道技术调查团的成员，正在津轻海峡进行调查，偶然地救了一个想自杀的女孩牧村多惠，并将他带到阿连